Modern bir Dr. Jekyll and Mr. Hyde (1886) uyarlaması olan Jonathan (2018), aynı bedeni paylaşan iki kardeşin hikâyesini anlatır. Jonathan, oldukça disiplinli bir kişiliğe sahiptir ve gündüzleri bir mimarlık ofisinde çalışır. Kardeşi Jon ise daha aykırı ve özgür ruhlu birisidir. Jon’un yaşayabileceği zaman dilimi gece olduğu için güneşi hiç göremez.
Tek bedende çoklu bilincin yaşamasını mümkün kılan bir teknoloji sayesinde ve katı kurallara uymaları halinde kardeşler aynı bedeni paylaşabilmektedir. Bu katı kurallardan bir tanesi âşık olmamaktır. Aynı bedende yaşamalarına rağmen birbirleriyle hiç görüşme şansları olmayan kardeşler, video kayıtlarıyla iletişim kurarlar. İkilinin dengeli yaşamı, Jonathan’ın Jon’un romantik bir ilişkisi olduğunu keşfetmesiyle bozulur.
Tek bir ihlalin bir kardeşi diğerinden üstün kıldığı bu yaşam şekli, ikilinin duygusal çatışmaları üzerine kuruludur. Fakat hikâyeyi filme ismini veren Jonathan’ın bakış açısıyla izleriz. Bu durum hem Jon’u daha fazla görmek istememize hem de Jonathan’ın yalnızlığını hissetmemize vesile olur.
